Hola, Piedra. No, la masa madre no se vuelve loca, sino que se enriquece
De todas formas, lo que haría yo es tomar parte de la masa madre básica que tienes (supongo que ya la tendrás bien activa) y refrescar esa porción con lo que te interese. Si tu masa madre ya está activa, no hacen falta varios días, sino unas horas. Puedes tomar, por ejemplo, 20 g (o 50 g, lo que sea) y añadirle 20 g de harina (la o las que quieras para tu pan) y otros 20 g de agua. Esperas 3 ó 4 horas, seguramente ya estará burbujeante, y a esos 60 g que tienes ahora le puedes añadir (por poner un ejemplo) 100 g de harina y 100 g de agua. Otras 3 ó 4 horas, y ya tienes 260 g. Las cantidades son ejemplos, claro, depende de cuánta masa madre quieras para el pan que vayas a hacer. El resto de masa madre que no hayas utilizado en los refrescos lo puedes dejar tranquilamente en un botecito en la nevera. Si luego quieres hacer otro pan con otras harinas y te quieres adaptar la masa madre, pues vuelves a hacer lo mismo.
Yo siempre tengo un tarro con masa madre de harinas mixtas (parte blanca y parte integral), y así me sirve de base para cualquier tipo de refresco que luego quiera hacerle.