Hola cocinicas, no se si has visto esta que seguro que te viene fenomenal. Hay un apartado donde se explica como hacer pan con masa madre natural y muchas respuestas a preguntas muy habituales.
Por otro lado, hiciste bien en esperar para que la masa madre se estabilizara un poco. Al segundo o tercer dia puede haber mucha actividad, pero no es la que nos interesa. Si te subió el 4 h (echando la misma cantidad de harina de la masa madre de la que partías), entonces está bien, suficientemente cargada de levaduras. Otra cosa son los aromas, matices o madurez de la masa, que se consigue con tiempo.
Aparte de lo que te comenta Taxus, dices que añades azucar, pero no lo incluyes en la lista de ingredientes y además lo añades al principio. Si es mucho, para otra vez incorpóralo cuando hayas amasado un poco, junto con las pasas y las nueces y amasando con cuidado, pero sin miedo a que se te rompa. Ya se volverá a unir.
El reposo inicial (que llamamos autolisis-) facilita el amasado posterior y es muy beneficioso para la masa, pero se hace sin incorporar la sal ni otros ingredientes, solo con harina y agua y, en este caso, masa madre.
El amasado, lo hagas como lo hagas, tiene la función de desarrollo del gluten, así que ese tiene que ser el objetivo.
Aunque te parezca mucho tiempo, a lo mejor tu masa necesitaba más de fermentación.
Ten en cuenta que hay dos fermentaciones (normalmente), y no hay un tiempo "standar" para ellas, depende de la temperatura, entre otras cosas. Entre medio está el formado, que también tiene su importancia.
Si al plegar una masa ya de por si dura le pasas el rodillo, pues lo que estás es desgasificando mucho, aunque no tiene porqué impedir el esponjado, aunque a lo mejor si el que haya alveolos medianos/grandes.
Así que yo intentaría lo siguiente:
-Controlar la hidratación (aunque sea mas dificil de manejar, es mejor en este caso una masa más bien blanda)
-El reposo inicial de 30 min solo con harina, agua y masa madre (si quieres mezcla la masa madre primero con el agua, aunque puedes reservar un poco -de agua- para más adelante para corregir con ella, no con harina)
-Añadir después la sal y amasar (bien), ya sea de seguido (10/15 min), ya sea con amasados cortos (amasar, 10 min de reposo, amasr, 15 min, amasar 30 min...) durante la primera fermentación.
-Añadir el resto de ingredientes e incorporar bien, pero sin miedo.Si es con amasados cortos, puedes incorporarlos después de la 1ª media hora.
-Dividir y formar según el tipo de pan.
-2ª fermentación (hasta que esté en su punto/doblar el volumen)
-Cortar y al horno
Aunque seguramente lo que yo haría es empezar por un masa más sencilla, por ejemplo una solo con harina blanca panificable.
¡Ánimo!